Pirmie muzeja krājuma priekšmeti, kas simboliskā gājienā no muzeja pagaidu mājvietas Raiņa bulvārī 7 tiks pārnesti uz muzeja pastāvīgo ēku, būs Latvijas karogi, kuri, baidoties no represijām, padomju okupācijas periodā tika rūpīgi slēpti. Padomju okupācijas laikā par Latvijas valsts karoga glabāšanu draudēja kriminālatbildība, taču tas nebija šķērslis pilsoniskai drosmei. Individuālā varonība ar ticību neatkarīgai Latvijas valstij ir iznesusi karogus neskartus cauri laikiem.
Viens no pirmajiem muzeja krājuma priekšmetiem, kas atgriezīsies muzeja jaunajās krātuvēs, būs bijušās Rīgas 3. ģimnāzijas karogs. Sākoties otrajai padomju okupācijai, skolotāji Valeska un Jēkabs Manguļi karogu paslēpa savā dzīvoklī Rīgā. Remonta laikā izjaucot virtuves sienu, karogu atrada 1996. gadā, ietītu 1956. gada laikrakstā "Cīņa", un vēlāk to dāvināja Latvijas Okupācijas muzejam.
Kopš Latvijas Okupācijas muzeja dibināšanas 1993. gadā muzeja krājums ir veidojies, pateicoties dāvinājumiem un atmiņu stāstiem. Šobrīd muzeja krājumā glabājas 73 731 priekšmets un 2425 video liecības. Priekšmeti un atmiņas stāsta ne tikai par pārdzīvoto, bet arī par izturību, pašaizliedzību un pretošanos divu okupāciju varām Latvijā 20. gadsimtā.
Ieilgušo celtniecības darbu dēļ Latvijas Okupācijas muzejs pagaidu mājvietā, bijušajās ASV vēstniecības telpās, atrodas teju deviņus gadus – kopš 2012. gada nogales. Šajā laikā muzejs ir turpinājis iepazīstināt ar neseno Latvijas vēsturi skolēnu grupas, ārvalstu tūristus un valsts protokola viesus. Atgriežoties pastāvīgajā mājvietā, muzejs varēs atjaunot darbību pilnā apjomā, piedāvājot apmeklētājiem jaunu pastāvīgo ekspozīciju, tematiskās izstādes jaunizveidotajā izstāžu zālē, skolēnu izglītojošās nodarbības īpaši iekārtotā auditorijā un citus Latvijas un ārvalstu sabiedrību izglītojošus pasākumus.
Plānots, ka muzeja jauno pastāvīgo ekspozīciju, ko šobrīd veido dizaina birojs "H2E" sadarbībā ar muzeja vēsturniekiem, apmeklētāji varēs iepazīt 2022. gada pavasarī.
