Okupācijas muzeja rekonstrukcijas projekts jau ilgāku laiku ir karsts profesionāļu diskusiju objekts, jo daudzi arhitekti ir pauduši iebildumus pret muzeja līdzšinējās ēkas pārbūvi, norādot ka tā ir būtisks sava laika arhitektūras piemineklis. Tomēr aizvien vairāk diskusija ieguvusi arī politisku nokrāsu.
Iecere piešķirt rekonstruējamajam muzejam nacionālo interešu objekta statusu, kurš nepieciešama, lai projektu varētu realizēt ātrāk un vienkāršāk, ir izraisījusi daudzu politiķu un profesionāļu iebildumus, jo tiek uzsvērts, ka par muzeja ieceri nekad nav notikušas plašākas diskusijas sabiedrībā. Tomēr muzeja rekonstrukcijas ieceres pretiniekiem, kuriem piepulcējusies arī Saeimas opozīcijas partija „No sirds Latvijai”, nācies uzklausīt pārmetumus par to, ka iebildumus pret muzeju savās interesēs var izmantot arī sabiedrības grupas, kuras labprāt apstrīdētu Latvijas okupācijas faktu.
