Jānis Zirnis dzimis 1944. gadā Staicelē un mācījies Staiceles pamatskolā, pēc tam Alfrēda Kalniņa Cēsu Mūzikas vidusskolas Kordiriģēšanas nodaļā. Jau tolaik jaunā mākslinieka intereses bija vispusīgas – mūziķis iemācījies spēlēt trompeti, klarneti, saksofonu, un Cēsu simfoniskajā orķestrī spēlējis sitaminstrumentus, liecina informācija Latvijas Nacionālās bibliotēkas digitālajā krātuvē.
Studējis Jāzepa Vītola Latvijas Valsts konservatorijas Kordiriģēšanas nodaļā pie Jāņa Ozoliņa, vēlāk absolvējis Vasilija Sinaiska Simfoniskā orķestra un operas diriģēšanas klasi, bet 2004. gadā ieguvis maģistra grādu mūzikā.
Paralēli spēlējis saksofonu Latvijas Radio un televīzijas vieglās mūzikas orķestrī (1967–1980).
Jau vidusskolas gados sācis strādāt ar savu pirmo kolektīvu – Kūduma ciema jaukto kori. Studiju laikā darbojies dažādos koros kā kormeistars, nozīmīgu pieredzi guvis, būdams otrais diriģents Haralda Medņa vadītajā korī "Skaņupe". Latvijas novados vadījis vairākus korus, kuri bijuši Latvijas labāko koru vidū un sasnieguši ievērojamus panākumus konkursos un festivālos.
Paralēli strādājis arī ar profesionālajiem kolektīviem, bijis Latvijas Radio simfoniskā orķestra galvenā diriģenta asistents un otrais diriģents (1980–1984), kā arī Latvijas Nacionālās operas galvenais kormeistars (1987–1989) un diriģents (1989–2004).
Savas zināšanas topošajiem diriģentiem nodevis tālāk, strādājot Jāzepa Vītola Latvijas Mūzikas akadēmijā (kopš 1977), kur bijis mācībspēks un Mūzikas pedagoģijas katedras vadītājs (1984–1987), kā arī mācību koru un studentu simfoniskā orķestra diriģents.
Jānis Zirnis bijis vairāku Dziesmu svētku virsdiriģents un Goda virsdiriģents.
Apbalvots ar Latvijas Republikas Ministru kabineta Atzinības rakstu 2004.gadā un Triju Zvaigžņu ordeni 2008.gadā.
Atvadīšanās no mūžībā aizgājušā diriģenta Jāņa Zirņa notiks šī gada 7. decembrī laikā no plkst. 12.00 līdz 14.00 Rīgas Latviešu biedrības nama Lielajā zālē. Jāņa Zirņa piederīgie, atvadoties no diriģenta, aicina nenest vainagus.
