Maijā LU Satversmes sapulcē abi rektora amata pretendenti – Indriķis Muižnieks un Gundars Bērziņš – saņēma mazāk nekā pusi balsu no 286 sapulces dalībniekiem. Muižniekam gan bija vairāk balsu nekā viņa konkurentam. Vēlēšanu komisijas protokolā bija atzīts, ka nav ievēlēts neviens no kandidātiem, taču Satversmes sapulces priekšsēdētājs paziņoja – viņa ieskatā uzvarējis līdzšinējais rektors Muižnieks.
Taču vairāki LU personāla darbinieki apstrīdēja Muižnieka pārvēlēšanas tiesiskumu un aicināja sasaukt Satversmes sapulces ārkārtas sēdi.
Ceturtdien, 6. jūnijā, Satversmes sapulce sanāca atkārtoti. Tiesa, jau sākotnēji radās tehniskas problēmas – tika izdalīti mandāti ar iepriekšējās sēdes datumu, un dalībniekiem nācās lemt par to, ka tie ir derīgi arī šoreiz.
Satversmes sapulcē izskanēja priekšlikums atkārtoti rīkot rektora vēlēšanas, taču tas tika noraidīts. Un aizklāti dalībnieki balsoja par to, vai piekrīt Muižnieka ievēlēšanai rektora amatā.
Par Muižnieku tika atdotas 132 balsis, bet pret bija 122 balsis, tostarp 9 nederīgi biļeteni. Balsošanas komisija paziņoja, ka tādējādi Muižnieks ir ievēlēts par LU rektoru.