Aplūkojot datus par nokrišņiem Jāņu naktī kopš 1966.gada, meteorologi secinājuši, ka, lai gan gandrīz katru gadu vismaz kādā Latvijas reģionā svētku naktī sagaidām lietu, nokrišņu varbūtība atsevišķās vietās svārstās no 20% Krāslavas novada Piedrujā līdz 43% Stendē. Galvaspilsētā lietus Jāņu naktī ir vidēji reizi četros gados.
No pēdējām 58 Jāņu naktīm desmit pavadītas bez lietus visā Latvijā, un pēdējoreiz tāda Jāņu nakts bija 2023.gadā.
Jāņu dienā līst nedaudz biežāk nekā naktī - nokrišņu varbūtība svētku dienā Latvijas teritorijā variē no 23% Pāvilostā līdz 50% Skrīveros, bet vidēji valstī tā ir 37%.
Klimata pārmaiņas ietekmējušas laikapstākļus arī Jāņos - mūsdienās nokrišņi ir sagaidāmi biežāk. Aplūkojot periodu no 1966.gada, tā sākumā nokrišņi Jāņu naktī vidēji Latvijā bija 20% gadu, savukārt tagadējās normas periodā šī varbūtība pieaugusi līdz 42%.
Paaugstinājusies arī gaisa temperatūra - klimatiskās references periodā jeb 1961.-1990.gadā Jāņu nakts minimālā gaisa temperatūra vidēji Latvijā bija +10,2 grādi, bet mūsdienās tā ir +10,9 grādi.
Aukstākā Jāņu nakts kopš 1961.gada piedzīvota 1992.gadā, kad vidēji Latvijā gaisa temperatūra noslīdēja līdz +3,1 grādam, Zosēnos - līdz pat +0,7 grādiem.
Siltākā Jāņu nakts bija 2021. gadā, kad minimālā gaisa temperatūra valstī vidēji bija +17 grādi, savukārt 2013. gadā Rīgas centrā gaisa temperatūra šajā naktī nepazeminājās zem +20,5 grādiem.
Karstākie svētki Latvijā bija 2021.gadā, kad maksimālā gaisa temperatūra Madonā Līgo dienā sasniedza +33,2 grādus. Visvēsākie Jāņi bija 1994.gadā, kad gaisa temperatūra pārsvarā nepakāpās augstāk par +14 grādiem, Saldū nepārsniedzot +10,6 grādus, turklāt laiks bija stipri lietains un vējains.
